EmbroideryStudioは、初期設定ではファイルをネイティブファイルフォーマットであるEMBで保存します。このフォーマットにはデザインのステッチ情報と、変更に必要な情報がすべて含まれています。他のフォーマットで作成または保存したデザインを開く時には、EmbroideryStudioが内部でEMBフォーマットに変換をします。EmbroideryStudio機能を使用し、それらのデザインの変更を行うことができます。ファイルのタイプによってはEmbroideryStudioの変換処理段階で、更に情報を提供する必要があるものもあります。
